Rios que formam a bacia: 1. Rio Uruguai 2. Rio Paraguai 3. Rio Iguaçú 4. Rio Paraná 5. Rio Tietê 6. Rio Paranapanema 7. Rio Grande 8. Rio Parnaíba 9. Rio Taquari 10. Rio Sepotuba

O rio Paraguai é um dos mais importantes rios de planície do Brasil, superado apenas pelo Amazonas. De sua nascente, na chapada dos Parecis, nas proximidades da cidade de Diamantino – MT até sua confluência com o rio Paraná, na fronteira do Paraguai com a Argentina, ele pecorre 2.621km, sendo 1.683km em território brasileiro. Os principais tributários do rio Paraguai são os rios Jauru, Cuiabá, São Lourenço, Piquiri, Taquari, Negro, Miranda, Aquidauna, Sepotuba e Apa. A bacia do alto Paraguai possui uma área de 496.000km², sendo que 396.800km² pertencem ao Brasil e 99.000km² ao Paraguai e Bolívia. Da porção brasileira, 207.249km² pertencem ao Estado de Mato Grosso do Sul e 189.551km² a Mato Grosso. Desta área, 64% corresponde a planaltos e 36% ao Pantanal Mato-Grossense, uma extensa planície sedimentar, levemente ondulada, situada na região Centro-Oeste do Brasil. Com uma área de cerca de 17 milhões de ha, o Pantanal abrange, além do Estado de Mato Grosso do Sul e parte do Mato Grosso, áreas menores na Bolívia e Paraguai. Ao norte, leste e sul, o Pantanal é limitado pelas terras altas dos planaltos Central e Meridional e a oeste pelo rio Paraguai, que, junto com 132 tributários principais, drena todo o sistema. Os períodos de seca (maio a setembro) e enchentes (outubro a março) podem ser algumas vezes muito severos. A superfície da área inundada pode variar de 10.000 a 70.000km². O clima é predominantemente tropical, com umidade relativa entre 60 a 80%, temperatura média anual de 25ºC, podendo durante curtos períodos, apresentar temperaturas próximas a 0ºC. Janeiro é o mês mais chuvoso.

As cheias do Pantanal ocorrem em conseqüência das chuvas locais e estão relacionadas a problemas de drenagem, que dificultam o escoamento das águas. Junto às margens do rio Paraguai, as cheias formam um lençol contínuo que chega a atingir 4m de profundidade; mais para leste, para o interior do Pantanal, as inundações se limitam às áreas mais deprimidas do terreno chamadas baías, sendo que entre uma baía e outra há escoamento de água através de cursos denominados vazantes que podem ter muitos quilômetros de extensão. As vazantes de caráter permanente, que ligam baías contíguas, são conhecidas como corixos. Estas terras mais baixas estão separadas por elevações, denominadas cordilheiras que não ultrapassam 6m de altura. Existem também as salinas, depressões sem ligação com os rios, que armazenam água de chuva, salobra, e não possuem peixes. A vegetação da região é conhecida como Complexo Pantanal por conter diversas formações vegetais: matas, cerrados, campos limpos e vegetação aquática. O Pantanal é famoso pela grande quantidade e diversidade de animais, principalmente animais aquáticos (aves pernaltas e mergulhadoras, jacarés e peixes). As espécies mais capturadas pelos pescadores amadores são: pacu, pintado, cachara, piranha, piavuçu, barbado, dourado, jaú, curimbatá, piraputanga, jurupescem, jurupoca, e tucunaré (peixe da bacia amazônica introduzido em algumas áreas do Pantanal).

Em virtude da abundância e diversidade de peixes, a pesca sempre foi uma atividade econômica tradicional no Pantanal. A partir de meados da década de 80, o setor turístico se estruturou para oferecer transporte, hospedagem e serviços especializados para o pescador amador, que se tornou seu principal cliente. Cerca de 46.161 pescadores amadores, principalmente de São Paulo, Paraná e Rio de Janeiro, visitaram o Mato Grosso do Sul entre 1994 e 1995. Dados do mesmo período indicam que a maior captura ocorreu nos meses de outubro a novembro (época de cheia), nos rios Paraguai, Miranda, Taquari e Aquidauana.

O rio Paraná, principal formador da bacia do Prata, é o décimo maior do mundo em descarga, e o quarto em área de drenagem, drenando todo o centro-sul da América do Sul, desde as encostas dos Andes até a Serra do Mar, nas proximidades da costa atlântica. De sua nascente, no planalto central, até a foz, no estuário do Prata, percorre 4.695km. Em território brasileiro, drena uma área de 891.000km². Os principais tributários do rio Paraná são o Grande e o Paranaíba (formadores), Tietê, Paranapanema e Iguaçu.

A bacia do Paraná, em seu trecho brasileiro, é a que apresenta a maior densidade demográfica do país, levando a um enorme consumo de água para abastecimento, e também para indústria e irrigação. A poluição orgânica e inorgânica (efluentes industriais e agrotóxicos) e a eliminação da mata ciliar também contribuem para elevar o nível de degradação da qualidade da água de grandes extensões dos principais afluentes do trecho superior do rio Paraná, tornando-a imprópria para uso do homem e para a vida aquática. De certa forma, as barragens ao longo dos rios têm contribuído para a auto-depuração e retenção de poluentes, sendo constatado melhoria da qualidade da água, a jusante das barragens.